Легенда:
 новое сообщение
 закрытая нитка
 новое сообщение
 в закрытой нитке
 старое сообщение
|
- Напоминаю, что масса вопросов по функционированию форума снимается после прочтения его описания.
- Новичкам также крайне полезно ознакомиться с данным документом.
:) Давайте к делу - регистрация. 19.11.02 09:34 Число просмотров: 1902
Автор: Konstantin Leontiev Статус: Незарегистрированный пользователь
|
> [...]
> > Ну а на чём же ещё клиент строить.<
>
> не берусь давать советы по этой теме (совсем вне моей
> компетенции - могу и глупость ляпнуть, так что не
> обезсудьте), а на уровне идеи, мне кажется, что клиент
> должен быть простым "числогрызом" с предельно
> оптимизированным ядром (точнее ядрами под разные процесоры)
> и видимо, на ассемблере, иначе то как (или я опять чего-то
> не догнал?) + модуль алгоритмов проектов (или ядра под
> каждый проект отдельно, что наверняка эффективнее, но
> тогда: "кол. ядер" = "кол. проц." * "кол. проект") +
> комуникационный модуль и всё. получать он должен данные,
> подготовленные в какой то канонической форме, подставлять
> их и сохранять результат, опять в канонической форме.
> буфера обновить и подобное - оно понятно. т.е. никакого
> анализа или понятий о предметной области.
> а исследовательский софт (как я его понимаю) в первую
> очередь должен позволять менять исходные данные и
> анализировать результаты счёта, а по результатам анализа,
> давать рекомендации для изменения исх. данных, т.е.
> собственно счёт в нём очень небольшой кусок, без него,
> понятно, не обойтись, но не он во главе угла.
Это рассуждение приемлемо для клиента RC5. Но не для клиента вычислящего молекулярную динамику. Дело втом что в методе МД на каждом шаге интегрирования (а таких обычно около 10 000 000) интегрируется система диференциальных уравнений второго порядка, которая состоит в зависимости от размера молекулярной системы примерно из 15 000 уравнений с сильно не линейной левой частью. Прямым следствием такого интегрирования является траектория (зависимость координат каждого атома от времени). В обычных пакетах МД такие траектори заннимают сотни мегабайт, а в иных случаях и несколько ГБ. Поэтому сделать распределённые вычисления на GROMACS например или на NAMD невозможно. Они слишком много будут отъедать дискового пространства у доноров.
Наше же ноу-хау состоит в том, что мы не пишем траекторию в файл результата а по мере интегрирования уравнений сразу же вычисляем необходимые для дальнейшего исследования статистические величины. Эти файлы занимают в сотни и тысячи раз меньше места чем файлы траекторий. Они потом упаковываются (поскольку они текстовые) и отправляются на сервер.
Так вот по моиму писать на ассемблере модуль решения системы диф. уравений это мазохизм, а вот промежуточные процедуры работы с матрицами и с векторами - самое милое дело. Боее того что касается производительности нашего ядра - мы исследовали этот вопрос весьма тщательно и можем гориться тем, что она даже на C написано очень оптимально и выжимает из системы всё что можно.
|
|
|
подробно о проекте
Анализ криптографических сетевых... 
