1) В указанный момент времени A, сканирует реестр и делает его снимок, сохраняет информацию о текущем состоянии всех файлов на заданном диске.
2) В указанный момент B, сканирует тоже самое, что и в момент A, и на основании результатов выдает отчет об изменениях. Отчет об изменениях в реестре нужен (желательно) полный - добавление, изменение, удаление. Изменения содержимого файлов на диске не важны, только наличие факта изменения, хотя, первое пригодилось бы.
3) Интерактивное общение с пользователем.
Пишу сюда в связи с тем, что tools под названием System Mechanics давно стал известен многим производителям ПО, в результате чего логи его Safe Installer-а часто оказываются пустыми. :)